Експозиція
Заснування музею почалось з приватної природничої колекції Е.П. Францова. Дивовижний світ молюсків, губок, метеликів, птахів, плазунів, ссавців з усього світу розкривалося в цій колекції. Дивовичні мінерали та напівдорогоцінне каміння. Все це стало основою майбутнього музею, що був відкритий 15 (28) грудня 1913 року.
Природа
-

Колекція Францова та заснування музею
1 залаЕкспозиція першого залу – це своєрідний «музей музею». Тут представлені документи та матеріали, що розповідають про формування колекції. Найстаріші експонати – екзотичні рослини, опудала тварин, мінерали і все це з різних континентів… Все це з приватної колекції засновника природничо-історичного музею у Миколаєві Е.П. Францова.
-

Природа Миколаївщини
2-4 залиДивовижна мандрівка по неповторних заповідних куточках Миколаївщини: загадкові гранітні скелі, живописні ландшафти, водні простори, неповторний рослинний і тваринний світ.
Археологія
-

Прадавня історія.
5 залаОсвоєння території нашого краю першими людьми з періоду пізнього палеоліту. Найдовший час в історії людства, час найбільших змін та найдивовижніших відкриттів. Численні археологічні знахідки розповідають про побут, звичаї та релігійне уявлення народів, що освоїли безкраї простори Причорномор’я.
-

Скіфи. Перші античні поселення.
6 залаЕкспозиція залу присвячена двом важливим темам: скіфським кочівникам, які населяли наш край у VII-III ст. до н.е. і першому античному поселенню в Північному Причорномор’ї.
Історія
-

Козацтво
10 залаСеред пам'яток історії, які є частиною духовної спадщини населення нашого краю, чимало таких, які нагадують про часи козаків в Україні. Українське козацтво має багатий історичний шлях, і його внесок у боротьбу за незалежність та культурний розвиток України є надзвичайно важливим.